Keamanan daging ayam goreng tidak terlepas dari cemaran bakteri patogen Salmonella spp. yang dapat menyebabkan salmonellosis. Penyakit salmonellosis merupakan penyakit yang menular pada manusia (zoonosis) yang disebut foodborne disease. Penelitian ini bertujuan untuk menetapkan metode MPN dengan konfirmasi menggunakan PCR untuk deteksi tingkat cemaran Salmonella spp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa suhu annealing 60ºC dan konsentrasi primer F139-R141 0,2 μM merupakan kondisi optimal untuk mendeteksi fragmen gen invA Salmonella spp. yang berukuran 284 bp. Kondisi PCR terpilih memiliki Limit of Detection (LOD) sebesar 0,1 ng/μL dengan sensitifitas dan spesifisitas 100%. Metode PCR tersebut mampu mendeteksi 2 serovar Salmonella yaitu Salmonella enterica serotipe Typhimurium dan Salmonella enterica serotipe Enteridis, dan tidak mengenali bakteri non Salmonella spp. Aplikasi metode PCR untuk tahap konfirmasi MPN menunjukkan bahwa metode ini lebih sensitif dan spesifik dalam mendeteksi tingkat cemaran Salmonella spp. Metode ini memiliki tingkat validitas : sensitifitas 100%, spesifisitas 100%, tingkat positif palsu 0% dan tingkat negatif palsu 0%. Hasil pemeriksaan menunjukkan bahwa prevalensi Salmonella spp. pada 55 sampel yang dianalisis adalah sebesar 61,8% atau 34 sampel ayam goreng positif tercemar oleh Salmonella spp. dengan tingkat cemaran berkisar antara 3,0-23 MPN/g.