Obesitas telah mencapai proporsi epidemik secara global. Peningkatan prevalensi obesitas dihubungkan dengan perubahan gaya hidup. Populasi Bali telah terpapar perubahan gaya hidup selama tiga dekade terakhir karena perkembangan pariwisata, menyebabkan tingginya prevalensi obesitas. Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) gen fat mass and obesity associated (FTO) rs9939609 dilaporkan memiliki asosiasi dengan obesitas pada banyak populasi, meskipun memiliki prevalensi yang berbeda-beda. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan asosiasi varian rs9939609 dengan obesitas pada populasi Bali. Studi dilakukan pada 574 spesimen tersimpan berasal dari empat desa (Legian, Penglipuran, Nusa Ceningan, dan Pedawa). Klasifikasi obesitas berdasarkan indeks massa tubuh (IMT) dan obesitas sentral berdasarkan lingkar pinggang (LP) mengikuti klasifikasi WHO untuk orang Asia: IMT ≥ 25 kg/m2 baik pada pria dan wanita, LP ≥ 90 cm untuk pria dan LP ≥ 80 cm untuk wanita. Genotipe rs9939609 ditentukan menggunakan sistem amplifikasi mutasi refrakter (ARMS). Analisis asosiasi varian rs9939609 dengan obesitas dan obesitas sentral dilakukan dengan uji regresi logistik ordinal dengan penyesuaian usia dan jenis kelamin. Frekuensi alel minor varian rs9939609 sebesar 0.43, dan distribusi genotipe tidak menyimpang dari kesetimbangan Hardy-Weinberg (p = 0.396). Varian rs9939609 berasosiasi dengan obesitas pada model dominan (koefisien = 0.44, p = 0.040). Tidak terdapat asosiasi antara varian rs9939609 dengan obesitas sentral. Variasi gen FTO rs9939609 berasosiasi dengan obesitas pada populasi Bali.