Salmonella typhi dan Shigella dysenteriae merupakan foodborne pathogen yang banyak menimbulkan keracunan makanan, oleh karena itu metode deteksi bakteri terus mengalami perkembangan untuk mengatasi keterbatasan metode konvensional yang membutuhkan waktu analisis yang lebih lama. Metode cepat dan spesifik yang saat ini dikembangkan adalah metode real-time PCR. Metode real-time PCR merupakan suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in vitro sekaligus dengan kuantifikasinya. Metode ini membutuhkan sepasang primer forward dan reverse yang digunakan sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan diamplifikasi. Penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh Muktiningsih et al. 2017 telah berhasil merancang pasangan primer gen fim-C untuk bakteri Salmonella typhi dengan panjang amplikon 95 pb. Namun, primer tersebut belum diketahui sensitivitas dan spesifisitasnya, oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk menguji kemampuan, sensitivitas dan spesifisitas primer dalam mengamplifikasi gen fim-C Salmonella typhi dan Shigella dysenteriae. Hasil penelitian menunjukkan pasangan primer gen fim-C bakteri Salmonella typhi dapat mengamplifikasi DNA Salmonella typhi pada siklus ke-14, tidak dapat mengamplifikasi Shigella dysenteriae sebagai bakteri non-target dan tidak membentuk primer-dimer. Sensitivitas primer dapat mengenali DNA sampai konsentrasi DNA sebesar 4,528 pg/ìL. Primer spesifik sehingga dapat digunakan sebagai pendeteksi bakteri Salmonella typhi pada kasus keracunan makanan, sementara pasangan primer gen fim-C bakteri Shigella dysenteriae mengamplifikasi DNA pada siklus ke-25 dan ke-30 dan hasil visualisasi menunjukkan pita DNA sepanjang ± 100 pb yang seharusnya 153 pb, sementara hasil BLASTN menunjukkan primer terfragmentasi dalam sekuen 153 pb. Berdasarkan hasil yang diperoleh, maka dapat diasumsikan bahwa primer gen fim-C Salmonella typhi memiliki spesifisitas dan sensitivitas yang baik sementara primer gen fim-C Shigella dysenteriae menunjukkan primer yang terfragmentasi.