Kapang endofit merupakan kapang yang hidup di dalam jaringan tanaman yang sehat serta memiliki banyak potensi, salah satunya menjaga inangnya dari serangan penyakit. Identitas kapang endofit yang valid diperlukan untuk mengeksplorasi potensi kapang endofit. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi kapang endofit asal perakaran padi (Oryza sativa L.) var. Beaq ganggas melalui analisis multilokus sekuen daerah ITS, gen beta-tubulin, dan gen calmodulin serta menguji potensi antagonismenya terhadap F. oxysporum kapang penyebab busuk akar pada padi. Penelitian dibagi menjadi tiga tahapan yaitu identifikasi multilokus berdasarkan analisis sekuen ITS, beta-tubulin, dan calmodulin; uji antagonisme, dan uji interaksi antagonisme yang diamati secara mikroskopik. Hasil analisis multilokus daerah ITS, calmodulin dan beta-tubulin menunjukan bahwa isolat PD2 dan PD4 merupakan anggota dari Aspergillus section Terrei dan secara genetik sangat dekat dengan A. hortai, A. terreus, A. neoafricanus, dan A. alabamensis sehingga untuk sementara diberi nama Aspergillus sp. strain PD2 dan Aspergillus sp. strain PD4. Isolat PD5 merupakan anggota dari Aspergillus section Versicolores, dan secara konsisten selalu berada satu klade dengan A. sydowii sehingga isolat PD5 teridentifikasi sebagai A. sydowii. Hasil uji antagonime menunjukan bahwa Aspergillus sp. strain PD2, Aspergillus sp. strain PD4, dan A. sydowii strain PD5 mampu menghambat pertumbuhan F. oxysporum sebesar 37.31%, 26.52%, dan 12.04%, secara berurutan. Interaksi antagonisme yang terjadi antara kapang endofit dan F. oxysporum menyebabkan adanya abnormalitas, lisis, vakuolasi, koagulasi sitoplasma, dan pembentukan pigmen merah (overpigmented) pada hifa F. oxysporum.