Salah satu jenis reptil endemik Indonesia adalah ular bandotan (Trimeresurus puniceus) yang memiliki penyebaran hanya di Sumatera dan Jawa saja. Kondisi geografis antara Sumatera dan Jawa yang berbeda memungkinkan ular bandotan (T. puniceus) memiliki perbedaan morfologi. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan morfologi yang meliputi morfometri dan meristik antara ular bandotan di Sumatera dengan Jawa dan mengetahui karakter morfologi spesifik apa yang dapat dijadikan pembeda antara ular bandotan di Sumatera dan Jawa. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode deskriptif dengan teknik observasi langsung. Spesimen ular bandotan yang digunakan adalah dari Sumatera dan Jawa. Variabel yang diukur adalah morfometri ular bandotan serta menghitung sisik (skalasi) ular bandotan. Data dianalisis dengan uji statistik non-parametrik menggunakan uji U Mann-Whitney (α < 0.05), yang diprogram melalui software SPSS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan karakteristik morfologi ular bandotan dari daerah Sumatera dan Jawa, karakter morfometri spesifik yang dapat dijadikan pembeda antara ular bandotan dari Sumatera dengan Jawa adalah diameter mata secara vertikal, dan jarak antara mata dengan bibir, namun demikian karakter meristik yang meliputi sisik supralabial, sisik supraocular, sisik Interorbital, dan jumlah sisik antara sisik supralabial ketiga dengan sisik subocular tidak dapat dijadikan sebagai karakter pembeda.