Literasi sains merupakan tujuan utama dari pembelajaran sains pada siswa berusia 15 tahun sebelum siswa mempelajari sains secara terpisah atau dibagi dalam subjek tertentu (fisika, biologi dan kimia). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara kemampuan membaca pemahaman, keterampilan berpikir tingkat tinggi, dan tingkat kecerdasan dengan kemampuan literasi sains siswa SMP. Sampel penelitian ini terdiri dari 189 siswa kelas IX yang berasal dari tiga SMP di Jakarta Timur. Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode deskriptif kuantitatif dengan uji hipotesis menggunakan korelasi berganda. Instrumen yang digunakan dalam penelitian ini adalah soal PISA tahun 2009 untuk mengukur kemampuan literasi sains, soal UKBI tahun 2009 untuk mengukur kemampuan membaca pemahaman, dan soal keterampilan berpikir tingkat tinggi yang dikembangkan oleh Kamalia tahun 2011. Hipotesis penelitian diuji dengan rumus korelasi Pearson Product Moment dengan α=0,05. Koefisien korelasi diperoleh sebesar 0,462 yang artinya terdapat hubungan positif antara kemampuan membaca pemahaman, keterampilan berpikir tingkat tinggi, dan tingkat kecerdasan secara simultan dengan kemampuan literasi sains pada siswa SMP