Literasi sains siswa merupakan pengetahuan tentang konsep dan teori ilmu pengetahuan yang berhubungan dengan penyelidikan ilmiah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan literasi sains siswa berdasarkan kemampuan literasi sains guru di kota dan di desa. Metode yang digunakan dalam penelitian adalah Ex-Post Facto. Populasi penelitian diambil secara purposive sampling berdasarkan peringkat nilai UN tinggi, sedang dan rendah di dua wilayah kota dan desa, dengan jumlah subjek penelitian 480 siswa dan 18 guru yang diambil secara acak. Analisis data menggunakan uji ANAVA Faktorial 2x2x3 pada α = 0,05. Instrumen yang digunakan terdiri dari dua jenis yaitu 40 soal literasi sains guru dan 40 soal literasi sains siswa. Hasil penelitian menunjukkan: 1)terdapat pengaruh letak geografis sekolah di desa dan di kota terhadap literasi sains siswa dengan p=0,00; 2)tidak terdapat pengaruh nilai UN terhadap skor literasi sains siswa dengan p=0,18; 3)tidak terdapat pengaruh literasi sains guru terhadap literasi sains siswa dengan p=0,318; 4) terdapat pengaruh letak geografis di kota dan di desa dengan input UN terhadap literasi sains siswa dengan p=0,00; 5)tidak terdapat pengaruh letak geografis dengan literasi guru terhadap skor literasi sains siswa p=0,194; 6) terdapat pengaruh input skor UN dengan literasi sains guru terhadap skor literasi sains siswa dengan p=0,00; 7)tidak terdapat pengaruh letak geografis, nilai UN dan literasi guru terhadap skor literasi sains siswa dengan p=0,712.