Program Magister Pendidikan Biologi merupakan salah satu program studi yang berada di bawah Fakultas Matematika dan Pengetahuan Alam (FMIPA), Universitas Negeri Jakarta. Program studi ini berdiri lebih dari 1 (satu) dekade dalam rangka memberikan pelayanan Pendidikan di tingkat magister kepada masyarakat. Program Studi didirikan berdasarkan surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 08/E/O/2012 Tanggal 4 Januari 2012 Magister Pendidikan Biologi, FMIPA, UNJ mulai menyelenggarakan program pendidikan ini pada tahun akademik 2012/2013. Berdasarkan SK BAN-PT No. 4364/SK/BAN-PT/Akred/M/VII/2022 Program studi ini, telah terakreditasi nasional (B) dari BAN-PT SEJAK 12 Juli 2022-12 Juli 2027.