Kegiatan perkuliahan mahasiswa Program Studi Magister Pendidikan Biologi secara keseluruhan berlangsung di Gedung M Pascasarjana lantai 1 sampai 3. Setiap ruang kuliah dilengkapi dengan pendingin ruangan (AC), satu buah TV LED, satu buah in focus, satu buah whiteboard, dan kursi belajar untuk mahasiswa. Kapasitas ruang kuliah dapat diisi oleh 40-50 orang mahasiswa.