Program Studi Magister Pendidikan Kimia memiliki dua lokasi laboratorium, yaitu :
- Laboratorium praktikum mahasiswa yang berada di kampus B UNJ. Lab ini biasa digunakan untuk praktikum mahasiswa yang meliputi Lab. Kimia Dasar, Lab. Kimia Fisik, Lab. Kimia Analitik, dan Lab. Kimia Organik.
- Laboratorium penelitian di kampus A UNJ. Lab ini biasa digunakan oleh mahasiswa maupun dosen dalam melaksanakan penelitian.