FMIPA UNJ dipimpin oleh seorang Dekan dan dibantu oleh tiga orang Wakil Dekan selama masa kepemimpinannya. Wakil Dekan I bertanggung jawab di bidang Akademik,
kemahasiswaan, dan Alumni; Wakil Dekan II bertanggung jawab di bidang Keuangan
dan Sumber Daya; dan Pembantu Dekan III bertanggung jawab atas bidang Riset, Inovasi,
Sistem Informasi, dan Kerja Sama. Fakultas juga memiliki staf kantor yang meliputi dosen dan staf akademik. Dosen sebanyak 126 orang dan tenaga akademik 47 orang (laboratorium/PLP dan tenaga administrasi). Para dosen dikelompokkan menjadi 10 program studi Sarjana dan 4 program studi Magister. FMIPA UNJ saat ini memiliki lebih dari 2000 mahasiswa, dengan rasio total antara dosen dan mahasiswa 1:18.
Dr. Hadi Nasbey, S.Pd., M.Si.
Dekan FMIPA
Dr. Afrizal, S.Si., M.Si.
Wakil Dekan II
Dr. Meiliasari, S.Pd., M.Sc.
Wakil Dekan I
Dr. Dalia Sukmawati, M.Si.
Wakil Dekan III