Kurikulum dirancang untuk mencerminkan visi, misi, dan tujuan Program Studi Magister Pendidikan Matematika Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) UNJ dalam menghasilkan lulusan sebagai guru/pendidik matematika yang mampu mengelola laboratorium serta berwirausaha sesuai dengan perkembangan zaman dan pemangku kepentingan. Struktur kurikulum disusun sesuai dengan deskripsi Capaian Pembelajaran Lulusan (CPL). Pada gambar pemetaan kurikulum telah dijelaskan keterkaitan antara setiap nama mata kuliah dengan mata kuliah bidang studi dari Program Studi Magister Pendidikan Matematika.

Kurikulum Program Studi Magister Pendidikan Matematika disusun untuk memenuhi kebutuhan lulusan akan pengetahuan dan keterampilan dalam bidang pendidikan dan pembelajaran serta keilmuan Matematika. Oleh karena itu, kurikulum secara umum memiliki empat mata kuliah utama, seperti Mata Kuliah Pendukung Pendidikan, Mata Kuliah Pendukung Konsep Matematika, dan Mata Kuliah Pendukung Penelitian.

Mahasiswa Program Studi Magister Pendidikan Matematika menyelesaikan studi mereka dalam waktu 2 tahun (4 semester) sebagai masa studi tercepat, dan 4 tahun (8 semester) sebagai masa studi terlama. Mata kuliah yang harus mereka selesaikan selama masa studi adalah 43 SKS atau setara dengan 216 ECTS. Kelompok mata kuliah tersebut meliputi Mata Kuliah Universitas dengan 8 SKS (20,80 ECTS) yang wajib diambil oleh semua mahasiswa dari universitas; Mata Kuliah Wajib dengan 31 SKS (80,6 ECTS) sebagai mata kuliah wajib bagi mahasiswa yang berada di program Pendidikan; dan Mata Kuliah Pilihan dengan 4 SKS (10,4 ECTS) baik di Mata Kuliah Matematika Terapan maupun Mata Kuliah Pendidikan Profesi