Kurikulum pada program studi Magister Pendidikan Matematika terdiri dari mata kuliah umum dan mata kuliah program studi. Mata kuliah umum dirancang oleh universitas dengan melibatkan seluruh pemangku kepentingan universitas. Kelompok mata kuliah program studi Magister Pendidikan Matematika disusun berdasarkan masukan dari para pemangku kepentingan Magister Pendidikan Matematika antara lain para pakar dari Perhimpunan Pascasarjana Pendidikan Matematika Indonesia (PPPMI), para dosen Magister Pendidikan Matematika, organisasi guru di DKI Jakarta seperti Musyawarah Guru Mata Pelajaran (MGMP), organisasi alumni, dan organisasi kemahasiswaan.

Mahasiswa program studi Magister Pendidikan Matematika harus mengambil minimal 43 SKS. Sebanyak 39 SKS merupakan mata kuliah wajib dan 4 dari 15 SKS merupakan mata kuliah pilihan. 15 SKS disediakan baik di dalam program studi Magister Pendidikan Matematika maupun di program pascasarjana lainnya. Semua mata kuliah didistribusikan selama 4 semester. Mata kuliah wajib, yang merupakan prasyarat untuk mata kuliah selanjutnya, diberikan pada semester 1. Mata kuliah pada semester 2 difokuskan pada mata kuliah studi pendidikan, mata kuliah matematika, dan mata kuliah penelitian. Pada semester 3, mata kuliah difokuskan pada mata kuliah penelitian dan mata kuliah pilihan. Mata kuliah pilihan mendukung mahasiswa pascasarjana Magister Pendidikan Matematika dengan profil yang diinginkan di lapangan. Pada semester 4, mahasiswa diharapkan untuk fokus pada penelitian, penulisan tesis, dan mempublikasikan hasil penelitian pada jurnal bereputasi nasional dan internasional.

Struktur kurikulum Magister Pendidikan Matematika ditunjukkan pada Gambar di bawah ini (Catatan: kotak kuning untuk mata kuliah program studi, kotak merah untuk mata kuliah pilihan, kotak biru untuk mata kuliah MBKM, kotak hijau untuk mata kuliah universitas, dan kotak ungu untuk mata kuliah fakultas).