Program Studi S2 Pendidikan Matematika Universitas Negeri Jakarta menerima mahasiswa pertama kali Tahun 2012, sampai sekarang telah meluluskan banyak alumni yang tersebar diberbagai bidang profesi baik fungsional, struktural maupun wirausahawan. Sebagai lembaga yang terus berkembang, sejak awal berdiri Program Studi Pendidikan Matematika melakukan berbagai macam perubahan untuk perbaikan yang terus-menerus, sehingga tercapai visi, misi dan tujuan nya. Perbaikan kurikulum, perbaikan prosedur perkuliahan, prosedur ujian sidang, perbaikan sarana-prasarana dan lain-lain. Kerjasama juga dilakukan dengan seluruh PTN yang menyelenggarakan Program Magister Pendidikan Matematika melalui organisasi PPPMI dan IndoMS, dan dengan beberapa perguruan tinggi luar negeri baik di kawasan Asia, Australia dan kawasan lainnya.