Laboratorium Ekologi merupakan laboratorium yang diperuntukkan bagi kegiatan Praktikum, observasi, dan penelitian di bidang Ekologi lainnya seperti interaksi intraspesifik/interspesifik tumbuhan. Laboratorium Ekologi terletak di Gedung Hasyim Asy’arie (GHA) lantai 8. Laboratorium ini dilengkapi dengan berbagai peralatan seperti papan tulis, wastafel, alat penelitian lapangan dan lain sebagainya yang sering digunakan dalam kegiatan praktikum perkuliahan maupun penelitian oleh mahasiswa dan dosen rumpun Biologi FMIPA UNJ.