Laboratorium Struktur adalah laboratorium yang diperuntukkan untuk kegiatan perkuliahan, pengamatan, dan penelitian dalam bidang ilmu struktur dan perkembangan baik pada hewan dan tumbuhan. Laboratorium struktur yang dimiliki oleh Rumpun Biologi FMIPA UNJ telah terbagi menjadi Laboratorium Struktur Perkembangan Hewan (SPH) dan Laboratorium Struktur Perkembangan Tumbuhan (SPT). Kedua Laboratorium saat ini terletak di gedung Hasyim Asjarie (GHA) Lt.8 dan Lt.9.  Laboratorium ini dilengkapi oleh alat-alat seperti oven, triangle biomedical sciences (TBS), mikrotom pemanas, mikrotom pembuat preparat dan sebagainya yang sering digunakan dalam kegiatan praktikum perkuliahan dan penelitian oleh mahasiswa dan dosen rumpun Biologi, FMIPA UNJ.